.gitignore
.pre-commit-config.yaml
LICENSE
MANIFEST.in
README.md
bacseg_ui.py
pyproject.toml
setup.cfg
tox.ini
.github/workflows/test_and_deploy.yml
.napari-hub/DESCRIPTION.md
.napari-hub/config.yml
src/_dev/Export Masks to AKSEG v5 dev.py
src/_dev/ScanR dev.py
src/_dev/Troodos dev.py
src/_dev/__init__.py
src/_dev/akseg_db_stats.py
src/_dev/akseg_dev.py
src/_dev/akseg_dev2.py
src/_dev/akseg_txt_metadata.py
src/_dev/align_alex_datadump.py
src/_dev/alison_datadump.py
src/_dev/autocontast_dev.py
src/_dev/cellposedev.py
src/_dev/cellposeshapely.py
src/_dev/check_metadata.py
src/_dev/colicoords_cellldist_dev.py
src/_dev/colicoords_ldist_dev.py
src/_dev/database_dev.py
src/_dev/edit_database_columns.py
src/_dev/fits_dev.py
src/_dev/fix_alison_missing_file_list.py
src/_dev/generate_scanr_movie.py
src/_dev/get_akseg_stats.py
src/_dev/get_species_info.py
src/_dev/luke__script.py
src/_dev/matplotlib_Events.py
src/_dev/move_AluGasketDFP.py
src/_dev/move_conor_nim_dfp_data.py
src/_dev/move_pillar_data.py
src/_dev/move_pillar_zstack_data.py
src/_dev/move_unlearning_files.py
src/_dev/new_metadata2.pickle.py
src/_dev/new_read_akseg_directory.py
src/_dev/nim_dev.py
src/_dev/omnipose_dev.py
src/_dev/omnipose_midlines.py
src/_dev/omnipose_train.py
src/_dev/oufti_dilate.py
src/_dev/oufti_dilate_with_midlines.py
src/_dev/process_alex_datadump.py
src/_dev/process_alex_datadump_clinical.py
src/_dev/process_conor_datadump.py
src/_dev/process_gramstain_datadump.py
src/_dev/read_non_tif.py
src/_dev/rebuild_usermeta.py
src/_dev/rebuild_usermeta_2.py
src/_dev/recreate_user_metadata.py
src/_dev/sort_midlines.py
src/_dev/stelios_stats.py
src/_dev/tile_meta_check.py
src/_dev/tiler_dev.py
src/_dev/updade_akseg_metadata.py
src/_dev/update_img_metadata.py
src/_dev/video_iamges.py
src/_dev/zooniverse.py
src/_dev/zooniverse_move.py
src/_dev/zooniverse_move_titrations.py
src/_dev/zooniverse_titration_upload.py
src/_dev/zooniverse_titrations.py
src/_dev/zooniverse_upload.py
src/napari_bacseg/__init__.py
src/napari_bacseg/_utils.py
src/napari_bacseg/_utils_cellpose.py
src/napari_bacseg/_utils_colicoords.py
src/napari_bacseg/_utils_database.py
src/napari_bacseg/_utils_database_IO.py
src/napari_bacseg/_utils_imagej.py
src/napari_bacseg/_utils_interface_events.py
src/napari_bacseg/_utils_json.py
src/napari_bacseg/_utils_oufti.py
src/napari_bacseg/_utils_refine.py
src/napari_bacseg/_utils_statistics.py
src/napari_bacseg/_utils_tiler.py
src/napari_bacseg/_version.py
src/napari_bacseg/_widget.py
src/napari_bacseg/bacseg_ui.py
src/napari_bacseg/bacseg_ui.ui
src/napari_bacseg/gapseq_ui.py
src/napari_bacseg/napari.yaml
src/napari_bacseg/napari_ui.py
src/napari_bacseg.egg-info/PKG-INFO
src/napari_bacseg.egg-info/SOURCES.txt
src/napari_bacseg.egg-info/dependency_links.txt
src/napari_bacseg.egg-info/entry_points.txt
src/napari_bacseg.egg-info/requires.txt
src/napari_bacseg.egg-info/top_level.txt
src/napari_bacseg/_tests/__init__.py
src/napari_bacseg/_tests/test_bacseg.py
src/napari_bacseg/_tests/test_widget.py