LICENSE
MANIFEST.in
README.md
requirements.txt
setup.cfg
setup.py
setup_helper.py
versioneer.py
scripts/tred.py
scripts/tredplot.py
scripts/tredprepare.py
scripts/tredreport.py
tredparse/__init__.py
tredparse/_version.py
tredparse/bam_parser.py
tredparse/jcvi.py
tredparse/meta.py
tredparse/models.py
tredparse/tred.py
tredparse/tredplot.py
tredparse/tredreport.py
tredparse/utils.py
tredparse.egg-info/PKG-INFO
tredparse.egg-info/SOURCES.txt
tredparse.egg-info/dependency_links.txt
tredparse.egg-info/not-zip-safe
tredparse.egg-info/requires.txt
tredparse.egg-info/top_level.txt
tredparse/data/HLI_bams.csv.gz
tredparse/data/TREDs.alts.csv
tredparse/data/TREDs.meta.csv
tredparse/data/chrY.hg19.unique_ccn.gc
tredparse/data/chrY.hg38.unique_ccn.gc
tredparse/data/illumina_v3.pcrfree.stepmodel
tredparse/data/illumina_v3.pcrfree.stuttermodel
tredparse/ssw/_ssw.c
tredparse/ssw/_ssw.pyx
tredparse/ssw/ssw.c
tredparse/ssw/ssw.h
tredparse/ssw/sse2neon/emmintrin.h