#!/bin/bash 
qiime tools import \
--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \
--input-path <manifest> \
--output-path <qiime2_work_dir>/demux-paired-end.qza \
--input-format PairedEndFastqManifestPhred33V2

qiime dada2 denoise-paired \
--i-demultiplexed-seqs <qiime2_work_dir>/demux-paired-end.qza \
--p-trunc-len-f <p-trunc-len-f> \
--p-trunc-len-r <p-trunc-len-r> \
--p-n-threads 0 \
--o-representative-sequences <qiime2_work_dir>/rep-seqs.qza \
--o-table <qiime2_work_dir>/feature-table.qza \
--o-denoising-stats <qiime2_work_dir>/stats.qza

qiime tools export \
--input-path  <qiime2_work_dir>/feature-table.qza \
--output-path  <qiime2_work_dir>
qiime tools export \
--input-path  <qiime2_work_dir>/rep-seqs.qza \
--output-path  <qiime2_work_dir>/


biom convert --to-tsv -i <qiime2_work_dir>/feature-table.biom -o <qiime2_work_dir>/feature-table.tsv