#!/usr/bin/python3
import msa4u

import traceback
import sys

parameters = msa4u.manager.Parameters(api=False)
parameters.parse_cmd_arguments()
parameters.load_config(parameters.cmd_arguments["config_file"])
if parameters.cmd_arguments["fasta"]:
    fasta = msa4u.manager.Fasta(parameters.arguments["fasta"], parameters)
    msa = msa4u.manager.MSA(fasta.run_mafft(), parameters)
if parameters.cmd_arguments["alignments"]:
    msa = msa4u.manager.MSA(parameters.arguments["alignments"], parameters)
msa.plot()
