
[34mdocs/tutorials/tutorial_3k_tcr.md[0m
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[38;2;253;151;31m# Analysis of 3k T cells from cancer[0m

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[38;2;255;255;255mFor the [38;2;228;46;112m_Wu2020_[38;2;255;255;255m dataset, the authors already provide clusters and UMAP coordinates.[0m

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[38;2;253;151;31m### Clonotypes preferentially occuring in a group[0m

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[38;2;255;255;255mClonotypes associated with an experimental group (a given cell type, samle or diagnosis) might be important candidates as biomarkers or disease drivers. Scirpy offers :func:[38;2;236;53;51m`~scirpy.tl.clonotype_imbalance`[38;2;255;255;255m to rank clonotypes based on Fisher's exact test comparing the fractional presence of a given clonotype in two groups.[0m
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