README.rst
setup.py
xclone/__init__.py
xclone/_config.py
xclone/_logging.py
xclone/version.py
xclone.egg-info/PKG-INFO
xclone.egg-info/SOURCES.txt
xclone.egg-info/dependency_links.txt
xclone.egg-info/requires.txt
xclone.egg-info/top_level.txt
xclone/analysis/__init__.py
xclone/analysis/_clustering.py
xclone/analysis/evaluation.py
xclone/analysis/extract.py
xclone/data/__init__.py
xclone/data/demo_datasets/__init__.py
xclone/data/demo_datasets/_datasets.py
xclone/model/HMM_BB.py
xclone/model/HMM_NB.py
xclone/model/HMM_base.py
xclone/model/XClone_combine.py
xclone/model/_BAF.py
xclone/model/_BAF_base.py
xclone/model/_BAF_process.py
xclone/model/_Gaussian_mixture.py
xclone/model/_HMM.py
xclone/model/_RDR_CNVratio.py
xclone/model/_RDR_base.py
xclone/model/_RDR_cnv.py
xclone/model/_RDR_dispersion.py
xclone/model/_RDR_libratio.py
xclone/model/_RDR_process.py
xclone/model/_RDR_smoothing.py
xclone/model/__init__.py
xclone/model/_denoise.py
xclone/model/analysis_utils.py
xclone/model/base_utils.py
xclone/model/data_base_utils.py
xclone/model/diploid.py
xclone/model/mixture.py
xclone/model/phasing.py
xclone/model/smoothing.py
xclone/model/utils.py
xclone/model/xclone_baf_wrap.py
xclone/model/xclone_combine_wrap.py
xclone/model/xclone_rdr_wrap.py
xclone/model/xclone_run_wrap.py
xclone/plot/CNV_plot.py
xclone/plot/_BAF_debug.py
xclone/plot/_BAF_plot.py
xclone/plot/_RDR_plot.py
xclone/plot/__init__.py
xclone/plot/_base_manhattan.py
xclone/plot/_base_xanndata.py
xclone/plot/_data.py
xclone/plot/_explore.py
xclone/plot/_plot_style.py
xclone/plot/_test.py
xclone/plot/_utils.py
xclone/plot/_visualize.py
xclone/plot/base_plot.py
xclone/plot/smooth_plot.py
xclone/preprocessing/_RDR_genes.py
xclone/preprocessing/_RDR_preprocess.py
xclone/preprocessing/_Xdata_manipulation.py
xclone/preprocessing/__init__.py
xclone/preprocessing/_anno_data.py
xclone/preprocessing/_annotation_prepare.py
xclone/preprocessing/_data.py
xclone/preprocessing/_demo_data.py
xclone/preprocessing/_efficiency.py
xclone/preprocessing/_preprocessing.py
xclone/preprocessing/_transformation.py
xclone/preprocessing/_utils.py
xclone/preprocessing/_utils_base.py
xclone/preprocessing/xclone_preprocess_wrap.py