README.rst
setup.py
xclone/__init__.py
xclone/utils.py
xclone/version.py
xclone/xclone.py
xclone.egg-info/PKG-INFO
xclone.egg-info/SOURCES.txt
xclone.egg-info/dependency_links.txt
xclone.egg-info/requires.txt
xclone.egg-info/top_level.txt
xclone/analysis/BAF_analysis.py
xclone/analysis/RDR_analysis.py
xclone/analysis/__init__.py
xclone/analysis/_clustering.py
xclone/analysis/evaluation.py
xclone/analysis/extract.py
xclone/model/HMM_BB.py
xclone/model/HMM_NB.py
xclone/model/HMM_base.py
xclone/model/XClone.py
xclone/model/XClone_VB_base.py
xclone/model/XClone_VB_model.py
xclone/model/XClone_combine.py
xclone/model/_BAF.py
xclone/model/_BAF_base.py
xclone/model/_BAF_process.py
xclone/model/_Gaussian_mixture.py
xclone/model/_HMM.py
xclone/model/_RDR_CNVratio.py
xclone/model/_RDR_base.py
xclone/model/_RDR_cnv.py
xclone/model/_RDR_discard_fucntions.py
xclone/model/_RDR_dispersion.py
xclone/model/_RDR_libratio.py
xclone/model/_RDR_process.py
xclone/model/_RDR_smoothing.py
xclone/model/_RDR_test.py
xclone/model/__init__.py
xclone/model/_denoise.py
xclone/model/analysis_utils.py
xclone/model/base_utils.py
xclone/model/data_base_utils.py
xclone/model/generate_emm_test.py
xclone/model/mixture.py
xclone/model/phasing.py
xclone/model/preprocessing_utils.py
xclone/model/smoothing.py
xclone/model/utils.py
xclone/plot/CNV_plot.py
xclone/plot/_BAF_debug.py
xclone/plot/_BAF_plot.py
xclone/plot/_RDR_plot.py
xclone/plot/__init__.py
xclone/plot/_base_manhattan.py
xclone/plot/_base_xanndata.py
xclone/plot/_data.py
xclone/plot/_demo_plot.py
xclone/plot/_explore.py
xclone/plot/_test.py
xclone/plot/_utils.py
xclone/plot/_visualize.py
xclone/plot/base_plot.py
xclone/plot/convergence_diagnostics.py
xclone/plot/deprecated_func.py
xclone/plot/smooth_plot.py
xclone/preprocessing/_RDR_genes.py
xclone/preprocessing/_RDR_preprocess.py
xclone/preprocessing/_Xdata_manipulation.py
xclone/preprocessing/__init__.py
xclone/preprocessing/_anno_data.py
xclone/preprocessing/_annotation_prepare.py
xclone/preprocessing/_base.py
xclone/preprocessing/_data.py
xclone/preprocessing/_demo_data.py
xclone/preprocessing/_efficiency.py
xclone/preprocessing/_preprocessing.py
xclone/preprocessing/_transformation.py
xclone/preprocessing/_utils.py
xclone/preprocessing/_utils0.py
xclone/preprocessing/deprecated_func.py