LICENSE
README.md
setup.cfg
setup.py
thoraxe/__init__.py
thoraxe/thoraxe.py
thoraxe/version.py
thoraxe.egg-info/PKG-INFO
thoraxe.egg-info/SOURCES.txt
thoraxe.egg-info/dependency_links.txt
thoraxe.egg-info/entry_points.txt
thoraxe.egg-info/not-zip-safe
thoraxe.egg-info/requires.txt
thoraxe.egg-info/top_level.txt
thoraxe/add_transcripts/__init__.py
thoraxe/add_transcripts/add_transcripts.py
thoraxe/subexons/__init__.py
thoraxe/subexons/alignment.py
thoraxe/subexons/ases.py
thoraxe/subexons/graph.py
thoraxe/subexons/phylosofs.py
thoraxe/subexons/plot.py
thoraxe/subexons/rescue.py
thoraxe/subexons/subexons.py
thoraxe/subexons/tidy.py
thoraxe/transcript_info/__init__.py
thoraxe/transcript_info/clusters.py
thoraxe/transcript_info/exon_clustering.py
thoraxe/transcript_info/phases.py
thoraxe/transcript_info/transcript_info.py
thoraxe/transcript_query/__init__.py
thoraxe/transcript_query/transcript_query.py
thoraxe/utils/__init__.py
thoraxe/utils/folders.py
thoraxe/utils/species.py
thoraxe/utils/split.py