LICENSE.txt
MANIFEST.in
README.rst
setup.cfg
setup.py
versioneer.py
src/PyCICADA.egg-info/PKG-INFO
src/PyCICADA.egg-info/SOURCES.txt
src/PyCICADA.egg-info/dependency_links.txt
src/PyCICADA.egg-info/entry_points.txt
src/PyCICADA.egg-info/top_level.txt
src/cicada/__init__.py
src/cicada/__main__.py
src/cicada/_version.py
src/cicada/analysis/__init__.py
src/cicada/analysis/cicada_analysis.py
src/cicada/analysis/cicada_analysis_arguments_handler.py
src/cicada/analysis/cicada_analysis_format_wrapper.py
src/cicada/analysis/cicada_analysis_nwb_wrapper.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/__init__.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_activity_intervals_ratio_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_analysis_pairwise_similarity.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_core_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_gonzalez_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_ica_cs_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_ica_mp_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_malvache_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_promax_cs_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_promax_mp_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_russo_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_sgc_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_svd_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_assemblies_tavoni_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_behavior_quantification_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_cell_ass_vs_intervals_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_cells_map_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_connectivity_graph.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_connectivity_graphs_description.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_deep_cinac_prediction_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_display_raster_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_hubs_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_psth_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_sce_descritpion_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_seq_graph_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_seq_malvache_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_seqnmf_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_splitting_cells_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_spot_dis_clust_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_time_correlation_graph_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_transient_amplitude_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_transient_duration_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_transient_frequency_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_transients_vs_intervals_analysis.py
src/cicada/analysis/ci_analyses/cicada_triple_seq_plot_analysis.py
src/cicada/config/config.yaml
src/cicada/config/group.yaml
src/cicada/gui/__init__.py
src/cicada/gui/cicada_all_group.py
src/cicada/gui/cicada_analysis_overview.py
src/cicada/gui/cicada_analysis_parameters_gui.py
src/cicada/gui/cicada_analysis_tree_gui.py
src/cicada/gui/cicada_config_handler.py
src/cicada/gui/cicada_group_sort.py
src/cicada/gui/cicada_main_window.py
src/cicada/gui/cicada_metadata_widget.py
src/cicada/gui/cicada_qdarkstyle.css
src/cicada/gui/exploratory/__init__.py
src/cicada/gui/exploratory/cicada_exploratory_main.py
src/cicada/gui/exploratory/cicada_exploratory_widgets.py
src/cicada/gui/exploratory/cicada_finite_regions.py
src/cicada/gui/exploratory/cicada_roi.py
src/cicada/gui/exploratory/cicada_time_intervals.py
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_down_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_left_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_right_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/arrow_up_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/badass.jpg
src/cicada/gui/icons/rc/badass_bis.jpg
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/base_icon_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_closed_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_end_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_line_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_more_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/branch_open_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_checked_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_indeterminate_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/checkbox_unchecked_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/cicada_closed_white.png
src/cicada/gui/icons/rc/cicada_closed_white_horizontal.png
src/cicada/gui/icons/rc/cicada_open_white.png
src/cicada/gui/icons/rc/cicada_open_white_horizontal.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_horizontal_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/line_vertical_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_checked_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/radio_unchecked_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/sky_night.jpeg
src/cicada/gui/icons/rc/surprise_mfh.jpg
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_horizontal_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_move_vertical_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_horizontal_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/toolbar_separator_vertical_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/transparent_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_close_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_grip_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_minimize_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock_disabled.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock_disabled@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock_focus.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock_focus@2x.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock_pressed.png
src/cicada/gui/icons/rc/window_undock_pressed@2x.png
src/cicada/gui/icons/svg/ant_pink_horizontal.svg
src/cicada/gui/icons/svg/ant_pink_standing.svg
src/cicada/gui/icons/svg/arrow_down.svg
src/cicada/gui/icons/svg/arrow_left.svg
src/cicada/gui/icons/svg/arrow_right.svg
src/cicada/gui/icons/svg/arrow_up.svg
src/cicada/gui/icons/svg/base_icon.svg
src/cicada/gui/icons/svg/base_palette.svg
src/cicada/gui/icons/svg/branch_closed.svg
src/cicada/gui/icons/svg/branch_end.svg
src/cicada/gui/icons/svg/branch_line.svg
src/cicada/gui/icons/svg/branch_more.svg
src/cicada/gui/icons/svg/branch_open.svg
src/cicada/gui/icons/svg/check-box-empty.svg
src/cicada/gui/icons/svg/checkbox.svg
src/cicada/gui/icons/svg/checkbox_checked.svg
src/cicada/gui/icons/svg/checkbox_indeterminate.svg
src/cicada/gui/icons/svg/checkbox_unchecked.svg
src/cicada/gui/icons/svg/cicada_arrow.svg
src/cicada/gui/icons/svg/cicada_closed.svg
src/cicada/gui/icons/svg/cicada_open.svg
src/cicada/gui/icons/svg/cicada_open_focus.svg
src/cicada/gui/icons/svg/doc.svg
src/cicada/gui/icons/svg/github-logo.svg
src/cicada/gui/icons/svg/group.svg
src/cicada/gui/icons/svg/house_black_white.svg
src/cicada/gui/icons/svg/house_colorful.svg
src/cicada/gui/icons/svg/house_colorful_transparent.svg
src/cicada/gui/icons/svg/line_horizontal.svg
src/cicada/gui/icons/svg/line_vertical.svg
src/cicada/gui/icons/svg/minus.svg
src/cicada/gui/icons/svg/more.svg
src/cicada/gui/icons/svg/more2.svg
src/cicada/gui/icons/svg/question-mark.svg
src/cicada/gui/icons/svg/radio_checked.svg
src/cicada/gui/icons/svg/radio_unchecked.svg
src/cicada/gui/icons/svg/right_arrow.svg
src/cicada/gui/icons/svg/sort.svg
src/cicada/gui/icons/svg/toolbar_move_horizontal.svg
src/cicada/gui/icons/svg/toolbar_move_vertical.svg
src/cicada/gui/icons/svg/toolbar_separator_horizontal.svg
src/cicada/gui/icons/svg/toolbar_separator_vertical.svg
src/cicada/gui/icons/svg/transparent.svg
src/cicada/gui/icons/svg/window_close.svg
src/cicada/gui/icons/svg/window_grip.svg
src/cicada/gui/icons/svg/window_minimize.svg
src/cicada/gui/icons/svg/window_undock.svg
src/cicada/preprocessing/__init__.py
src/cicada/preprocessing/cicada_data_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/cicada_preprocessing_main.py
src/cicada/preprocessing/cicada_preprocessing_run.py
src/cicada/preprocessing/convert_abf_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_behavior_movie_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_caiman_rois_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_cell_type_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_ci_movie_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_neural_activity_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_processed_2d_series_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_signal_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_suite_2p_rois_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_time_intervals_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/convert_to_nwb.py
src/cicada/preprocessing/script.py
src/cicada/preprocessing/sort_by_params.py
src/cicada/preprocessing/utils.py
src/cicada/utils/__init__.py
src/cicada/utils/cicada_file_utils.py
src/cicada/utils/constants.py
src/cicada/utils/dlc_behavior_analysis.py
src/cicada/utils/misc.py
src/cicada/utils/pairwise_correlation_analysis.py
src/cicada/utils/sce_stats_utils.py
src/cicada/utils/shortest_path_seq.py
src/cicada/utils/signal.py
src/cicada/utils/stats.py
src/cicada/utils/cell_assemblies/__init__.py
src/cicada/utils/cell_assemblies/malvache/__init__.py
src/cicada/utils/cell_assemblies/malvache/utils.py
src/cicada/utils/connectivity/__init__.py
src/cicada/utils/connectivity/connectivity_utils.py
src/cicada/utils/display/__init__.py
src/cicada/utils/display/cells_map_utils.py
src/cicada/utils/display/colors.py
src/cicada/utils/display/distribution_plot.py
src/cicada/utils/display/psth.py
src/cicada/utils/display/rasters.py
src/cicada/utils/display/videos.py
src/cicada/utils/graphs/__init__.py
src/cicada/utils/graphs/graph_clustering.py
src/cicada/utils/graphs/utils_graphs.py