# Omega fit to each site after fixing tree and all other parameters.
# Fits compared to null model of omega = 1.
# P-values NOT corrected for multiple testing, so consider Q-values too.
# Q-values computed separately for omega > and < 1 # Will fit different synonymous rate for each site.
#
site	omega	P	dLnL	Q
429	0.000	0.000276	6.615	0.155
378	0.000	0.000901	5.510	0.254
37	0.000	0.00521	3.903	0.257
309	0.000	0.00338	4.296	0.257
277	0.000	0.00393	4.158	0.257
190	0.000	0.00416	4.106	0.257
147	0.000	0.00283	4.456	0.257
307	0.000	0.00376	4.199	0.257
452	0.000	0.00268	4.507	0.257
232	0.000	0.00546	3.860	0.257
538	0.000	0.00534	3.880	0.257
459	0.000	0.00467	4.001	0.257
261	0.000	0.00757	3.567	0.281
304	0.000	0.00792	3.526	0.281
104	0.000	0.00796	3.521	0.281
122	0.000	0.00787	3.531	0.281
425	0.000	0.0115	3.194	0.289
294	0.000	0.00976	3.339	0.289
55	0.000	0.0121	3.147	0.289
524	0.000	0.0108	3.249	0.289
549	0.000	0.0103	3.288	0.289
362	0.000	0.0106	3.265	0.289
216	0.000	0.0123	3.133	0.289
58	0.000	0.0114	3.198	0.289
379	0.000	0.0131	3.077	0.293
235	0.000	0.0135	3.050	0.293
418	0.000	0.0221	2.620	0.298
270	0.000	0.0216	2.641	0.298
415	0.000	0.0179	2.804	0.298
251	0.000	0.0171	2.844	0.298
240	0.000	0.019	2.753	0.298
238	0.000	0.0192	2.741	0.298
371	0.000	0.0176	2.816	0.298
500	0.000	0.0193	2.738	0.298
101	0.099	0.0186	2.769	0.298
39	0.000	0.0232	2.575	0.298
115	0.000	0.0214	2.645	0.298
54	0.000	0.0225	2.603	0.298
472	0.000	0.0229	2.586	0.298
468	0.000	0.0149	2.966	0.298
27	0.000	0.0221	2.620	0.298
28	0.000	0.0215	2.642	0.298
305	0.000	0.0187	2.764	0.298
125	0.000	0.022	2.623	0.298
109	0.000	0.0264	2.466	0.324
509	0.000	0.0264	2.463	0.324
375	0.000	0.0279	2.417	0.335
334	0.000	0.0292	2.378	0.343
494	0.000	0.0317	2.307	0.365
64	0.000	0.0341	2.244	0.377
137	0.135	0.0338	2.254	0.377
554	0.000	0.0359	2.202	0.389
135	0.000	0.0377	2.159	0.399
321	0.000	0.0382	2.147	0.399
227	0.000	0.0405	2.099	0.412
366	0.000	0.0409	2.090	0.412
502	0.000	0.0435	2.038	0.413
25	0.000	0.0462	1.988	0.413
312	0.000	0.043	2.047	0.413
60	0.000	0.0459	1.992	0.413
266	0.000	0.0452	2.006	0.413
346	0.000	0.0459	1.993	0.413
319	0.000	0.043	2.047	0.413
75	0.000	0.0631	1.727	0.425
453	0.000	0.0587	1.787	0.425
367	0.000	0.0587	1.787	0.425
274	0.000	0.0503	1.915	0.425
328	0.137	0.0631	1.728	0.425
416	0.000	0.0623	1.737	0.425
358	0.000	0.0603	1.764	0.425
129	0.000	0.0565	1.818	0.425
303	0.000	0.0597	1.773	0.425
97	0.000	0.0632	1.725	0.425
153	0.000	0.0522	1.884	0.425
497	0.000	0.0579	1.798	0.425
279	0.000	0.0607	1.760	0.425
368	0.000	0.0583	1.792	0.425
476	0.000	0.0593	1.779	0.425
422	0.000	0.0554	1.835	0.425
439	0.000	0.0623	1.737	0.425
369	0.000	0.0573	1.807	0.425
342	0.000	0.0496	1.927	0.425
158	0.000	0.0621	1.740	0.425
408	0.000	0.0567	1.815	0.425
234	0.000	0.0778	1.555	0.428
9	0.000	0.0731	1.606	0.428
560	0.000	0.0785	1.548	0.428
467	0.000	0.0801	1.532	0.428
411	0.000	0.0699	1.642	0.428
495	0.000	0.08	1.532	0.428
463	0.000	0.0804	1.529	0.428
34	0.000	0.0722	1.617	0.428
116	0.000	0.0717	1.622	0.428
106	0.000	0.0724	1.614	0.428
61	0.000	0.0793	1.539	0.428
492	0.000	0.0771	1.563	0.428
18	0.000	0.0724	1.614	0.428
112	0.156	0.0804	1.528	0.428
382	0.000	0.0719	1.620	0.428
553	0.000	0.0729	1.608	0.428
384	0.000	0.0795	1.538	0.428
44	0.000	0.0691	1.652	0.428
518	0.000	0.0682	1.663	0.428
435	0.000	0.0728	1.610	0.428
318	0.000	0.0778	1.555	0.428
519	0.000	0.0793	1.539	0.428
71	0.000	0.0814	1.518	0.429
464	0.000	0.0824	1.508	0.431
151	0.000	0.0843	1.490	0.432
306	0.000	0.0841	1.492	0.432
130	0.000	0.107	1.298	0.434
430	0.000	0.0898	1.439	0.434
432	0.000	0.101	1.344	0.434
133	0.000	0.107	1.299	0.434
437	0.000	0.104	1.325	0.434
193	0.000	0.103	1.333	0.434
481	0.000	0.0872	1.463	0.434
451	0.000	0.0927	1.413	0.434
473	0.000	0.099	1.361	0.434
470	0.000	0.099	1.360	0.434
456	0.000	0.0989	1.361	0.434
127	0.000	0.104	1.324	0.434
424	0.000	0.0906	1.432	0.434
262	0.000	0.0931	1.410	0.434
223	0.144	0.107	1.302	0.434
355	0.000	0.103	1.330	0.434
360	0.172	0.0869	1.465	0.434
233	0.000	0.0899	1.438	0.434
550	0.000	0.107	1.299	0.434
30	0.000	0.107	1.296	0.434
253	0.000	0.1	1.353	0.434
36	0.000	0.101	1.344	0.434
370	0.000	0.103	1.327	0.434
297	0.000	0.0925	1.415	0.434
83	0.000	0.0857	1.477	0.434
49	0.000	0.0988	1.363	0.434
291	0.000	0.104	1.324	0.434
423	0.000	0.104	1.322	0.434
283	0.000	0.1	1.351	0.434
57	0.000	0.108	1.294	0.434
455	0.000	0.109	1.282	0.437
395	0.000	0.111	1.271	0.44
409	0.000	0.114	1.248	0.443
407	0.000	0.118	1.223	0.443
171	0.000	0.117	1.227	0.443
512	0.000	0.115	1.240	0.443
286	0.231	0.113	1.257	0.443
392	0.000	0.114	1.247	0.443
284	0.000	0.115	1.239	0.443
80	0.000	0.119	1.215	0.443
275	0.000	0.119	1.213	0.443
534	0.000	0.118	1.222	0.443
300	0.000	0.121	1.201	0.444
197	0.000	0.122	1.195	0.444
11	0.157	0.122	1.198	0.444
69	0.000	0.124	1.186	0.444
440	0.000	0.123	1.191	0.444
505	0.000	0.127	1.164	0.454
372	0.000	0.129	1.154	0.456
4	0.000	0.129	1.150	0.456
347	0.000	0.137	1.107	0.479
475	0.099	0.138	1.100	0.481
344	0.000	0.14	1.090	0.484
374	0.000	0.143	1.073	0.492
398	0.000	0.145	1.063	0.495
354	0.000	0.15	1.036	0.5
29	0.000	0.148	1.046	0.5
207	0.000	0.15	1.037	0.5
564	0.000	0.149	1.039	0.5
501	0.000	0.153	1.022	0.502
320	0.000	0.153	1.022	0.502
389	0.000	0.153	1.020	0.502
341	0.000	0.155	1.013	0.504
265	0.000	0.158	0.995	0.505
50	0.000	0.157	1.000	0.505
249	0.000	0.16	0.989	0.505
93	0.000	0.16	0.988	0.505
322	0.000	0.16	0.986	0.505
483	0.000	0.16	0.987	0.505
5	0.000	0.164	0.970	0.513
244	0.000	0.166	0.958	0.515
78	0.000	0.166	0.959	0.515
388	0.191	0.168	0.952	0.517
248	0.000	0.172	0.935	0.518
510	0.000	0.172	0.934	0.518
173	0.000	0.169	0.944	0.518
144	0.234	0.172	0.934	0.518
8	0.000	0.18	0.900	0.536
477	0.199	0.179	0.904	0.536
243	0.201	0.18	0.897	0.536
119	0.000	0.183	0.886	0.541
506	0.204	0.185	0.880	0.542
559	0.000	0.192	0.852	0.561
327	0.000	0.201	0.818	0.584
40	0.000	0.202	0.814	0.584
198	0.224	0.209	0.790	0.6
485	0.000	0.21	0.785	0.601
242	0.293	0.241	0.687	0.686
88	0.253	0.248	0.669	0.701
558	0.000	0.263	0.628	0.737
267	0.207	0.263	0.627	0.737
443	0.000	0.267	0.615	0.746
441	0.000	0.273	0.602	0.753
68	0.000	0.272	0.603	0.753
520	0.000	0.277	0.591	0.762
48	0.000	0.288	0.565	0.784
191	0.000	0.287	0.567	0.784
542	0.000	0.292	0.554	0.793
214	0.300	0.311	0.512	0.837
289	0.218	0.312	0.511	0.837
87	0.353	0.315	0.505	0.842
325	0.230	0.324	0.486	0.862
86	0.000	0.338	0.460	0.893
503	0.244	0.339	0.457	0.893
98	0.247	0.346	0.444	0.907
539	0.000	0.361	0.418	0.937
460	0.000	0.362	0.416	0.937
444	0.000	0.362	0.415	0.937
208	0.275	0.379	0.386	0.971
514	0.273	0.379	0.387	0.971
102	0.350	0.38	0.385	0.971
377	0.999	0.999	0.000	1
530	0.999	0.999	0.000	1
529	1.000	1	0.000	1
376	0.999	0.999	0.000	1
528	0.999	0.999	0.000	1
527	0.813	0.884	0.011	1
352	0.999	0.999	0.000	1
548	0.999	0.999	0.000	1
526	0.999	0.999	0.000	1
380	0.999	0.999	0.000	1
381	0.000	0.96	0.001	1
525	0.999	0.999	0.000	1
351	0.999	0.999	0.000	1
383	0.000	0.965	0.001	1
350	0.999	0.999	0.000	1
523	0.000	0.964	0.001	1
349	1.000	0.999	0.000	1
348	0.999	0.999	0.000	1
561	0.000	0.962	0.001	1
562	0.000	0.961	0.001	1
522	0.999	0.999	0.000	1
531	0.999	0.999	0.000	1
532	0.999	0.999	0.000	1
466	100.000	0.133	1.130	1
461	0.999	0.999	0.000	1
363	1.000	1	0.000	1
364	0.999	0.999	0.000	1
547	0.000	0.966	0.001	1
365	0.999	0.999	0.000	1
546	0.999	0.999	0.000	1
361	0.000	0.966	0.001	1
545	1.000	1	0.000	1
544	1.000	1	0.000	1
543	0.999	0.999	0.000	1
521	0.000	0.96	0.001	1
541	1.000	1	0.000	1
551	1.000	1	0.000	1
540	1.267	0.847	0.019	1
552	0.000	0.964	0.001	1
537	0.000	0.968	0.001	1
536	1.000	0.999	0.000	1
555	0.000	0.966	0.001	1
535	0.999	0.999	0.000	1
556	0.999	0.999	0.000	1
359	0.000	0.964	0.001	1
557	1.000	0.999	0.000	1
373	0.000	0.964	0.001	1
533	0.999	0.999	0.000	1
357	0.999	0.999	0.000	1
356	1.000	1	0.000	1
353	0.000	0.96	0.001	1
469	0.691	0.796	0.033	1
513	0.667	0.751	0.050	1
386	1.000	0.999	0.000	1
491	0.000	0.964	0.001	1
490	0.999	0.999	0.000	1
489	0.000	0.96	0.001	1
426	0.999	0.999	0.000	1
458	0.000	0.969	0.001	1
427	0.000	0.966	0.001	1
428	0.000	0.966	0.001	1
488	100.000	0.43	0.311	1
487	100.000	0.402	0.351	1
431	1.351	0.832	0.022	1
486	0.999	0.999	0.000	1
433	0.999	0.999	0.000	1
434	1.000	1	0.000	1
484	0.999	0.999	0.000	1
436	0.999	0.999	0.000	1
482	0.999	0.999	0.000	1
438	0.000	0.966	0.001	1
471	0.000	0.966	0.001	1
345	0.999	0.999	0.000	1
454	0.000	0.967	0.001	1
474	0.000	0.96	0.001	1
450	1.000	1	0.000	1
449	0.999	0.999	0.000	1
493	0.000	0.968	0.001	1
448	0.000	0.97	0.001	1
446	0.000	0.966	0.001	1
445	0.000	0.96	0.001	1
442	0.999	0.999	0.000	1
478	0.999	0.999	0.000	1
479	0.999	0.999	0.000	1
480	0.999	0.999	0.000	1
447	97.754	0.51	0.217	1
421	0.423	0.553	0.176	1
420	0.000	0.96	0.001	1
419	0.000	0.964	0.001	1
400	0.000	0.96	0.001	1
399	0.000	0.969	0.001	1
465	100.000	0.482	0.247	1
397	0.467	0.429	0.313	1
396	1.000	0.999	0.000	1
457	0.999	0.999	0.000	1
401	0.000	0.964	0.001	1
394	0.999	0.999	0.000	1
515	0.999	0.999	0.000	1
516	0.000	0.966	0.001	1
391	0.000	0.965	0.001	1
390	0.999	0.999	0.000	1
517	0.000	0.964	0.001	1
387	0.999	0.999	0.000	1
393	0.000	0.969	0.001	1
385	94.845	0.43	0.312	1
402	0.000	0.967	0.001	1
404	0.999	0.999	0.000	1
496	0.000	0.966	0.001	1
417	100.000	0.368	0.406	1
498	0.999	0.999	0.000	1
499	0.999	0.999	0.000	1
414	0.000	0.96	0.001	1
413	0.000	0.967	0.001	1
403	0.999	0.999	0.000	1
412	0.999	0.999	0.000	1
504	0.999	0.999	0.000	1
507	0.000	0.96	0.001	1
508	0.999	0.999	0.000	1
406	0.000	0.965	0.001	1
511	0.000	0.967	0.001	1
405	0.999	0.999	0.000	1
410	0.000	0.96	0.001	1
462	0.000	0.969	0.001	1
1	0.000	0.96	0.001	1
340	0.999	0.999	0.000	1
134	1.000	1	0.000	1
132	0.000	0.961	0.001	1
131	0.000	0.96	0.001	1
128	0.000	0.969	0.001	1
126	0.999	0.999	0.000	1
124	0.000	0.965	0.001	1
123	0.999	0.999	0.000	1
121	1.000	1	0.000	1
120	0.999	0.999	0.000	1
118	0.000	0.97	0.001	1
117	1.000	1	0.000	1
114	0.999	0.999	0.000	1
113	0.000	0.967	0.001	1
111	0.999	0.999	0.000	1
110	100.000	0.122	1.196	1
108	0.999	0.999	0.000	1
107	0.999	0.999	0.000	1
105	100.000	0.507	0.220	1
103	0.000	0.966	0.001	1
100	0.410	0.54	0.188	1
99	0.999	0.999	0.000	1
96	100.000	0.511	0.216	1
95	0.999	0.999	0.000	1
136	0.438	0.532	0.196	1
138	0.999	0.999	0.000	1
139	1.000	1	0.000	1
140	1.000	1	0.000	1
169	1.116	0.929	0.004	1
168	1.770	0.496	0.232	1
167	0.999	0.999	0.000	1
166	1.000	1	0.000	1
165	1.000	1	0.000	1
164	1.129	0.932	0.004	1
163	1.000	1	0.000	1
162	0.000	0.966	0.001	1
161	100.000	0.257	0.641	1
160	0.999	0.999	0.000	1
159	0.999	0.999	0.000	1
94	0.999	0.999	0.000	1
157	100.000	0.503	0.225	1
155	100.000	0.0921	1.418	1
154	2.199	0.457	0.276	1
152	0.591	0.713	0.067	1
150	100.000	0.293	0.553	1
149	0.448	0.54	0.188	1
148	0.657	0.768	0.043	1
146	0.000	0.964	0.001	1
145	100.000	0.548	0.180	1
143	1.519	0.713	0.068	1
142	0.999	0.999	0.000	1
141	100.000	0.198	0.827	1
156	97.676	0.223	0.742	1
170	100.000	0.435	0.305	1
92	1.000	1	0.000	1
90	0.484	0.58	0.153	1
38	0.000	0.969	0.001	1
35	0.000	0.965	0.001	1
33	0.000	0.967	0.001	1
32	0.999	0.999	0.000	1
31	0.999	0.999	0.000	1
26	0.000	0.967	0.001	1
24	0.000	0.97	0.001	1
23	0.999	0.999	0.000	1
22	0.999	0.999	0.000	1
21	0.000	0.961	0.001	1
20	0.999	0.999	0.000	1
19	0.000	0.961	0.001	1
17	0.000	0.967	0.001	1
16	0.000	0.966	0.001	1
15	0.400	0.529	0.198	1
14	0.000	0.965	0.001	1
13	0.999	0.999	0.000	1
12	0.563	0.656	0.099	1
10	100.000	0.518	0.209	1
7	1.000	1	0.000	1
6	0.571	0.583	0.151	1
3	100.000	0.313	0.509	1
2	0.724	0.789	0.036	1
41	0.000	0.965	0.001	1
42	0.999	0.999	0.000	1
43	0.000	0.965	0.001	1
45	1.000	0.999	0.000	1
89	100.000	0.308	0.520	1
85	0.459	0.59	0.145	1
84	0.000	0.96	0.001	1
82	100.000	0.509	0.218	1
81	0.999	0.999	0.000	1
79	0.000	0.964	0.001	1
77	0.546	0.673	0.089	1
76	1.000	1	0.000	1
74	1.000	0.999	0.000	1
73	100.000	0.201	0.817	1
72	0.299	0.413	0.336	1
91	0.999	0.999	0.000	1
70	100.000	0.308	0.519	1
66	1.000	1	0.000	1
65	0.999	0.999	0.000	1
63	99.590	0.512	0.215	1
62	0.000	0.964	0.001	1
59	0.815	0.875	0.012	1
56	0.000	0.96	0.001	1
53	0.999	0.999	0.000	1
52	0.449	0.54	0.187	1
51	100.000	0.255	0.649	1
47	0.000	0.967	0.001	1
46	0.473	0.603	0.135	1
67	0.999	0.999	0.000	1
343	0.999	0.999	0.000	1
172	1.914	0.589	0.146	1
175	0.375	0.501	0.226	1
292	0.645	0.759	0.047	1
290	0.999	0.999	0.000	1
288	100.000	0.282	0.578	1
287	39.804	0.928	0.004	1
285	100.000	0.522	0.205	1
563	0.999	0.999	0.000	1
281	0.999	0.999	0.000	1
280	0.999	0.999	0.000	1
278	0.999	0.999	0.000	1
276	100.000	0.191	0.857	1
273	0.000	0.968	0.001	1
272	1.000	1	0.000	1
271	0.000	0.966	0.001	1
269	0.999	0.999	0.000	1
268	1.613	0.675	0.088	1
264	0.000	0.961	0.001	1
263	1.000	1	0.000	1
260	100.000	0.423	0.321	1
259	0.000	0.966	0.001	1
258	0.000	0.969	0.001	1
257	0.999	0.999	0.000	1
256	0.000	0.961	0.001	1
255	0.000	0.961	0.001	1
293	0.000	0.969	0.001	1
295	0.999	0.999	0.000	1
296	0.000	0.965	0.001	1
298	0.573	0.694	0.077	1
339	0.391	0.515	0.212	1
338	1.000	1	0.000	1
337	0.999	0.999	0.000	1
336	0.550	0.677	0.087	1
335	0.000	0.967	0.001	1
333	1.000	1	0.000	1
332	0.000	0.964	0.001	1
331	0.000	0.965	0.001	1
330	0.533	0.661	0.096	1
329	0.000	0.964	0.001	1
326	0.000	0.96	0.001	1
254	93.816	0.499	0.228	1
324	0.000	0.968	0.001	1
317	0.000	0.969	0.001	1
316	0.000	0.964	0.001	1
315	0.000	0.961	0.001	1
314	0.000	0.965	0.001	1
313	0.617	0.735	0.057	1
311	0.999	0.999	0.000	1
310	97.004	0.534	0.194	1
308	1.000	1	0.000	1
302	0.000	0.967	0.001	1
301	0.000	0.961	0.001	1
299	0.000	0.964	0.001	1
323	0.000	0.97	0.001	1
174	0.999	0.999	0.000	1
252	0.421	0.549	0.180	1
247	0.999	0.999	0.000	1
203	0.999	0.999	0.000	1
202	0.757	0.76	0.047	1
201	0.637	0.752	0.050	1
200	94.950	0.587	0.147	1
199	0.000	0.967	0.001	1
196	0.999	0.999	0.000	1
195	0.000	0.97	0.001	1
194	99.161	0.357	0.425	1
192	1.000	1	0.000	1
189	1.000	1	0.000	1
188	0.999	0.999	0.000	1
187	0.000	0.96	0.001	1
186	0.000	0.96	0.001	1
185	0.705	0.731	0.059	1
184	0.588	0.683	0.084	1
183	0.510	0.485	0.244	1
182	0.000	0.967	0.001	1
181	0.471	0.601	0.136	1
180	0.999	0.999	0.000	1
179	1.000	1	0.000	1
178	0.778	0.766	0.044	1
177	91.165	0.229	0.724	1
176	1.000	1	0.000	1
204	0.782	0.801	0.032	1
205	100.000	0.361	0.417	1
206	100.000	0.204	0.805	1
209	92.304	0.323	0.488	1
246	1.000	1	0.000	1
245	0.999	0.999	0.000	1
241	0.000	0.962	0.001	1
239	100.000	0.183	0.886	1
237	100.000	0.0474	1.965	1
236	0.000	0.962	0.001	1
231	100.000	0.213	0.776	1
230	0.764	0.822	0.025	1
229	0.000	0.961	0.001	1
228	0.000	0.96	0.001	1
226	0.999	0.999	0.000	1
250	0.000	0.96	0.001	1
225	0.999	0.999	0.000	1
222	100.000	0.438	0.301	1
221	0.999	0.999	0.000	1
220	78.669	0.493	0.235	1
219	0.999	0.999	0.000	1
218	1.000	0.999	0.000	1
217	91.440	0.274	0.598	1
215	1.000	0.999	0.000	1
213	0.999	0.999	0.000	1
212	0.999	0.999	0.000	1
211	0.000	0.966	0.001	1
210	100.000	0.515	0.212	1
224	100.000	0.564	0.166	1
282	100.000	0.187	0.869	1